金针菇供食用的部分，主要是似黄花菜般的菌柄。其采收标准是:菌盖直径2厘米左右，菌柄长13---15厘米左右。每丛约50---150朵，鲜重约60---100克/瓶。
金针菇菌柄的长短与栽培室的温、湿度和光照、通风等条件有关，特别与光照条件关系更为密切。一般在黑暗条件下形成的子实体，菌柄长、菌盖小、色泽浅、质地脆嫩，整个子实体如白嫩的豆芽。在生产上为了获得这样的优质子实体，常采用人为的方法，如窗户避光或在瓶口上套一只圆简，以创造黑暗的环境。圆筒呈喇叭形，通常用牛皮纸或塑料薄膜卷成，筒高10---14厘米，当菌柄的长度离瓶口2厘米左右时，套上圆筒。圆筒有长有短，一般是先套短的，后套长的。在简壁上要留4---5个直径1厘米的小洞，以利于筒内外气体交换。
获得优质的金针菇，利用空气能烘干机烘干，如此一来，口感上佳，保存持久。随着干制产品的到来，空气能烘干机越来越被大家重视喜欢并且接受。
