栽培木耳接种后一般可连续采收三年。每年10月后气温下降，菌丝休眠，停止出耳。此时便进入越冬管理，为翌年出耳做好准备。越冬时通常将耳木集中，仍按“井”字形堆叠在清洁干燥处，让耳木保持较干燥的状态。冬季雨水虽少，但自然降雨已能维持耳木含有一定水分，一般不需喷水，如久旱不雨，耳木过分干燥，可每隔半月喷水一次，以增加湿度。
质地坚硬的耳木，也可排场越冬，先在地面放一枕木，然后将耳木一根根横放在上面，一头搭地，一头架空，这样既能保持水分，又能防止霉烂和白蚁等虫害侵蚀。第二三年耳木可用“井”字形堆叠越冬。
木耳菌丝耐寒力强，北方山区气温虽在-40--- -30℃,也不致冻死，下雪后耳木盖上一层雪被，更能起保护作用。越冬后至翌年3---4月间，气温回升，待耳茅发出后，再行散堆起架，管理采收。
不同的地区，冬季气温是不一样的，大家需要根据当地的气温变化，来做出最正确的选择。如何对黑木耳进行越冬管理，对大家来说是非常重要的一件事情。一旦越冬失败，我们将面临巨大的损失。在黑木耳采收完毕后，我们要利用空气能烘干设备进行烘干，然后进行运输。
